|
|
The effect of variations in GRIN genes on the biogenesis and functional properties of the NMDA receptor
Kuchtiak, Viktor ; Balík, Aleš (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent) ; Ladislav, Marek (oponent)
Exprese a aktivita ionotropních glutamátových receptorů řídí přenos signálu na excitačních synapsích v centrálním nervovém systému. Hlavní skupinou jsou pro vápník propustné NMDA receptory, jež jsou důležité pro různé formy synaptické plasticity, klíčového mechanismu v procesu učení a tvorby paměti. NMDA receptory jsou heterotetramerní komplexy a jsou zastoupeny třemi typy podjednotek: GluN1, GluN2A-D a GluN3A-B. Každá podjednotka se skládá ze čtyř domén, přičemž intracelulární C-terminální doména tvoří až polovinu celé podjednotky NMDA receptoru (GluN2A/2B). Řada důkazů ukazuje na to, že hypofunkce NMDA receptorů hraje důležitou roli v patogenezi neuropsychiatrických poruch, včetně schizofrenie. Schizofrenie se vyznačuje vysokou mírou dědičnosti, avšak její genetické pozadí není zatím dostatečně dobře probádáno. Předchozí studie identifikovaly v lidském genomu několik jednotlivých lokusů, které přispívají k náchylnosti k onemocnění, včetně GRIN genů kódujících NMDA receptory. Pomocí sekvenování jsem v kohortě pacientů postižených schizofrenií a kontrolních subjektů identifikovali a anotovali genetické varianty ve všech genech GRIN. Předložená disertační práce je zaměřena na funkční analýzu genetických variací v oblastech kódujících promotory a intracelulární domény receptorů. Genetické variace v...
|
|
|
The role of structural motifs in the localisation of T-cell plasma membrane proteins
Glatzová, Daniela ; Cebecauer, Marek (vedoucí práce) ; Brábek, Jan (oponent) ; Rozbeský, Daniel (oponent)
Plasmatická membrána T buněk obsahuje různé druhy receptorů a dalších povrchových molekul nezbytných pro správnou imunitní odpověď. Mnoho studií ukázuje, že lokalizace proteinů v buňce není náhodná a jejich mislokalizace jak v rámci plasmatické mebrány, tak i v rámci nesprávného sortingu v rámci buňky, může vést ke špatné funkci proteinů a v důsledku tak i k nesprávné T buněčné odpovědi. V mém prvním Ph.D. projektu jsme se zaměřili na roli složení a délky transmembránové domény, jejích proximálních sekvencí a přítomnosti palmitoylace nebo extracelulární domény na lokalizaci transmembránových adaptorových molekul LAT, PAG a NTAL v T buňkách. Ukázali jsme, že v membránové lokalizaci PAGu a NTALu hraje roli jeho transmembránová doména a že je tato lokalizace nezávislá na palmitoylaci. Na základě našich pozorování tvrdíme, že je membránová lokalizace NTALu usnadněná asymetrií jeho transmembránové domény i přes to, že je její délka je suboptimální. Mezi zkoumanými adapterovými proteiny nás zaujal zejména LAT. Konkrétně kombinace závislosti jeho membánové lokalizace na přítomnosti palmitoylace s neobvyklým složením jeho transmembránové domény nás přivedla na myšlenku zpracovat toto téma v separátním projektu. Můj prvoautorský projekt se zabývá právě objasněním role vysoce konzervovaných prolinů a glycinu v...
|
|
|
Quantitative fluorescence microscopy techniques to study three-dimensional organisation of T-cell signalling molecules.
Chum, Tomáš ; Cebecauer, Marek (vedoucí práce) ; Lánský, Zdeněk (oponent) ; Brameshuber, Mario (oponent)
11 SOUHRN Proteiny patří mezi základní stavební jednotky všech organismů. Proto je pochopení jejich funkce na molekulární úrovni jedním z klíčových cílů současného biologického, biochemického a biofyzikálního výzkumu. Je důležité charakterizovat aspekty ovlivňující lokalizaci bílkovin do vnitrobuněčných částí se specifickými funkcemi a jejich samotnou dynamickou strukturu, včetně multiproteinových komplexů. Jakékoliv narušení těchto proteinových vlastností může vést ke vzniku různých onemocnění. Většina proteomických studií je dnes prováděna pomocí biochemických přístupů, které nám umožňují studovat mnohobuněčný organismus nebo tkáň najednou. Nevýhodou těchto metod je složitá příprava vzorku a potřeba velkého počtu buněk. Tato kombinace vede ke ztrátě informací z jednotlivých buněk na molekulární úrovni. Oproti tomu mikroskopické techniky mohou poskytnout poměrně podrobné informace o sledovaných bílkovinách, navíc z jednotlivých buněk. Pro studium lokalizace proteinů v různých částech lidských lymfocytů jsme vybrali trans-membránové adaptorové proteiny (TRAPy). Kombinací metod DNA manipulace a fluorescenční mikroskopie jsme sledovali i jejich nanoskopickou organizaci na plazmatické membráně. Jako zástupci byly vybrány tyto proteiny: "linker of activation of T lymphocytes" (LAT), "phosphoprotein associated...
|
|
|
Localisation of CD4 coreceptor and its variants in human T cells
Glatzová, Daniela ; Cebecauer, Marek (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
CD4 je koreceptorem T receptoru nacházejícího se na povrchu T lymfocytů. Jedná se o glykoprotein z rodiny transmembránových proteinů. Jeho přítomnost je nezbytná jak pro vývoj T lymfocytů, tak i pro jejich správnou funkci. Předpokládá se, že CD4 stabilizuje interakci T receptoru s jeho ligandem, MHC-peptidovým komplexem, a tím přispívá k imunitní odpovědi založené na T buňkách. Vnitrobuněčná část CD4 obsahuje řadu strukturních motivů, které většinou neovlivňují umístění proteinu v plasmatické membráně, ale mohou významně ovlivnit jeho umístění v rámci domén, které se v plazmatické membráně T lymfocytů tvoří. Ukázalo se, že se CD4 přechodně hromadí v místech interakce T buňky a antigen-prezentující buňky, nazvaných imunologická synapse. Krátce po nahromadění CD4 koreceptoru v imunologické synapsi je buď vyloučen z místa, kde se imunologická synapse vytvořila, nebo úplně odstraněn z plasmatické membrány. Tento jev je v nesouladu s chováním T receptoru, který se po vzniku imunologické synapse hromadí v její centrální části. Z tohoto důvodu zůstává nejasné, jakým způsobem CD4 koreceptor a T receptor spolupracují při vazbě MHC-peptidového komplexu během zahájení T buněčné signalizace. Naším cílem je studium umístění CD4 koreceptoru na plasmatické membráně s použitím pokročilých mikroskopických metod,...
|
host ::
RSS.